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Veronica descobre a verdade de que o homem que Lincoln foi acusado de ter matado não está morto. T-Bag tem uma de suas mãos amputadas durante a fuga e procura tratamento. A companhia coloca no caso o agente especial do FBI Alexander Mahone, ele sabe exatamente o que Michael Scofield pensa, em pouco tempo ele decifra várias pistas das "tatuagens" de Scofield. Bellick está a procura dos fugitivos para receber a enorme recompensa. Mahone mata Abruzzi e Tweener, e obriga Haywire a suicidar-se. Sucre vai a procura de Maricruz.

Pope demite-se do cargo de director de Fox River, pois é injustamente acusado de abuso de poder. C-Note é preso, pois sua filha doente precisava de tratamento mais depois tem a chance de começar a sua vida novamente. T-Bag rouba o dinheiro de Charles. Kellerman captura Sara e tenta mata-lá. Kellerman entrega-se e salva Sara de ser acusada, livrando Lincoln de todas as acusações. Michael assume a morte de Kim, para evitar que Sara seja detida, e acaba por ser enviado para a Penitenciaría Federal de Sona, no Panamá, considerada uma das mais violentas e perigosa do mundo.